1、南京大学。
南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。
2、南京航空航天大学。
学校前身是1952年10月以511厂为基础创建的南京航空工业专科学校，是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一。
3、南京理工大学。
学校由创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）分建而成，经历了炮兵工程学院、华东工程学院、华东工学院等发展阶段，1993年更名为南京理工大学。
4、南京工业大学。
2001年5月，原化工部南京化工大学与原建设部南京建筑工程学院合并组建南京工业大学。原南京化工大学的前身可追溯到创建于1902年的三江师范学堂；原南京建筑工程学院的前身可追溯到创建于1915年的同济医工学堂。